没有湿实验，大神教你如何零成本快速锁定主角

作者：王韵壹、李英、熊慧卿

没有湿实验，大神教你如何零成本快速锁定主角基因

2022-02-09 09:27 来源: 小张聊科研

原标题：没有湿实验，大神教你如何零成本快速锁定主角基因

撰写：橘子来源：小张聊科研平台的“ i生信 ”公众号，微信公众号搜索“ i生信 ”即可关注/扫描关注见文末

上周五，助力生信文章写作系列推文迎来了第一更，介绍了肿瘤类单基因基础研究的概述（要发多快好省的生信文章，你还缺些啥？），主要介绍了这一分析思路的研究目的是什么？如何确定主角基因？对于主角基因，基于生信分析，我们能做哪些方面的研究？对于主角基因的生信分析，我们可以用哪些数据？主角基因生信研究，如何升级打怪？这种类型文章的友好期刊都有哪些？概述总是偏于总结性，所以本周五我们将以文章案例的形式对肿瘤类单基因基础研究进行具体剖析，文末有彩蛋哦~

文章标题：m6A RNA Methylation Regulator YTHDF1 Correlated With Immune Microenvironment Predicts Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy in Breast Cancer

这篇文章研究目的是什么？

一个好的文章标题，可以直观的告诉我们这篇文章的研究目的，所以我们来拆解一下这个标题吧，主角基因：YTHDF1，主角基因的雄厚背景：大名鼎鼎的m6A RNA甲基化调节因子，所研究疾病：乳腺癌，研究了主角基因在疾病中的什么哪些方面：主角基因与免疫微环境的关系/主角基因与疾病预后的关系/主角基因与疾病治疗响应的关系。

所以这篇文章的研究目的是：探究乳腺癌中m6A调控因子YTHDF1的表达模式及其与生存结果、免疫微环境、免疫治疗响应的相关性。

这篇文章是如何确定主角基因的？

首先，作者在引言中交代了关于m6A RNA甲基化调节因子文献已报道的研究基础，最终得出结论：探究m6A调节因子在乳腺癌中的作用，可能会增强我们对肿瘤免疫微环境特征的认识，并提高免疫治疗的疗效。这个时候作者的关注点还没有聚焦到主角基因上，而是多个m6A调节因子相关基因。

其次，作者基于TCGA数据探究了多个m6A调节因子相关基因在疾病组和对照组中的差异表达情况及基因表达与疾病预后的相关性，最终只有主角基因符合筛选条件，即表达差异显著且与疾病预后显著相关。

最后，作者又在两个GEO数据集中分别验证了主角基因的异常表达及与疾病预后的相关性，结论是：YTHDF1是主角基因无疑了。

对于选定的主角基因，这篇文章做了哪些方面的研究？

（1）主角基因在目标疾病中的临床意义

回顾主角基因的筛选过程，妥妥的说明了主角基因YTHDF1在目标疾病乳腺癌中是一个值得研究的预后标志物。

这篇文章基于主角基因YTHDF1表达情况，将样本分为高表达组和低表达组，再分别计算两组样本的TMB（公认的免疫治疗响应标志物，一般认为TMB越高，即基因突变数量越高，产生的肿瘤新抗原就越多，进而更可能被免疫系统识别，产生更强烈的抗肿瘤反应，所以更适合进行免疫治疗），结果发现主角基因YTHDF1高表达组的TMB显著高于低表达组，即主角基因YTHDF1的表达水平高低可能可以用来预测患者的免疫治疗响应结果，这里就上升到临床的治疗指导意义了（如果再有一个带有治疗响应的数据做验证，就更完美了~）。

（2）主角基因是通过什么途径影响疾病预后的

涉及到什么途径什么通路，必不可少的就是做功能富集。这篇文章除了进行基于主角基因YTHDF1高低表达进行样本分组的GSEA分析，还做了基于高低表达组间差异基因的GO和KEGG功能富集分析。主角基因YTHDF1高表达组显著富集到了比较经典的Wnt信号通路和细胞周期通路等。

（3）主角基因与免疫微环境的关系