lncRNA RBP套路发10+文章该如何设计？

作者：杨超月

撰写： LinLin 胖师兄来源：小张聊科研平台的“科研讲坛”公众号，微信公众号搜索“科研讲坛”即可关注/扫描关注见文末

LinLin：昨天无花果童鞋分享了一个叫作【dCAS9-ChIP】的前沿技术，今天LinLin和胖师兄来给大家说段相声（错了，是说篇文章），这里面就应用到了dCAS9-ChIP这一技术来包装它的内核机制。

胖师兄：其实就是个lncRNA结合转录因子的RBP机制，整这些弯弯绕干啥？抬高GDP？

LinLin：lncRNA研究可以说是老生常谈了，根据lncRNA的亚细胞定位，我们会选择不同的研究模式。如定位于细胞质中的lncRNA主要是调节mRNA稳定性，影响翻译及翻译后修饰；定位于细胞核中的lncRNA主要通过影响染色质重构，与结合蛋白相互作用参与转录调控。

胖师兄：很多童鞋做非编码都不知道先做做FISH定位或者核质分离PCR就敢说自己这是什么机制，难道是梁静茹给你的勇气？

LinLin：ceRNA调控机制是细胞质lncRNA最常见的转录后调控模式，也是我们一提到lncRNA，最先冒出来的研究思路。

胖师兄：给你们面子了，估计很多人只能想到这个机制吧。

LinLin：我们通常会忘了细胞核lncRNA该如何进行研究。

胖师兄：本身就不会。

LinLin：今天要给大家分享的是今年发表在Journal of Hematology & Oncology (IF=11.059)上的一篇文章“Long non-coding RNA HUMT hypomethylation promotes lymphangiogenesis and metastasis via activating FOXK1 transcription in triplenegative breast cancer”，文章研究发现细胞核lncRNA通过与结合蛋白YBX1形成转录复合体从而调控下游靶基因FOXK1的表达，进而影响TNBC的淋巴结转移。接下来，我们一起来看下如果要进行细胞核lncRNA研究，该如何进行课题设计。

胖师兄：认真看看下图，要学会举一反N。

文章思路图：

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一、立项依据

乳腺癌是世界范围内女性最常见的癌症，其发病率呈上升趋势。尽管三阴性乳腺癌（TNBC）与其他乳腺癌亚型相比，临床表现更差，治疗手段更少，内分泌治疗和常规靶向治疗对TNBC均无效，目前的一线治疗方案仍是手术和化疗。虽然TNBC仅占乳腺癌的10-20%，但其侵袭性和恶性程度较高，淋巴结转移率较高，而中位生存期较短。因此，研究新的TNBC淋巴结转移的生物标记物和分子机制对于TNBC治疗尤为重要。

长链非编码RNA（lncRNA）是长度大于200个碱基的一类特殊转录本，其编码能力有限。以往的研究发现lncRNA能够多水平参与调控的基因表达，如通过影响DNA甲基化或转录因子活性来调控基因转录。此外，lncRNA还能作为内源竞争性RNA或蛋白稳定剂在转录后水平调控基因表达。尽管有报道称有大量lncRNA在乳腺癌中异常表达，参与包括细胞凋亡，增殖，代谢和转移在内的癌症特征，但大多数lncRNA在TNBC淋巴结转移和免疫应答中的作用和机制尚不清楚。

为确定TNBC淋巴结转移相关的lncRNA并分析其参与的分子机制，研究人员进行了如下预实验：

1. 基因芯片结合生信分析确定高表达HUMT

研究人员首先将常规TNBC细胞转移到裸鼠脂肪垫中，筛选高淋巴结浸润性细胞重新注射到新的裸鼠体内，重复操作后，利用全基因组芯片筛选第三代高淋巴结浸润性细胞（231LNM3、549LNM3）中差异表达lncRNA，确定HUMT，用qRT-PCR验证，并进一步利用TCGA数据分析TNBC组织及泛癌组织中HUMT的表达水平进行验证。

（胖师兄：做个芯片还放原理图，是以为这是多么高大上的实验吗？）

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利用生信分析软件NCBI ORFfinder、PhyloCSF及CPAT预测HUMT的编码能力。检测SYSUCC来源的228例TNBC中HUMT表达水平，将样本分为高低HUMT组，分析HUMT表达与临床病理特征相关性。Kaplan-Meier生存曲线分析HUMT表达与OS和DFS相关性，qRT-PCR检测分析有无淋巴结转移TNBC中HUMT表达差异。

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2. 启动子区低甲基化促进HUMT表达上调

DNA甲基化是表观遗传调控基因表达的最常见方式之一，因此研究人员对启动子区的甲基化水平进行了生信分析，结果显示为低甲基化，同时HUMT启动子区有CpG岛。利用TCGA和CCLE数据进行分析，结果均显示所有乳腺癌中DNA甲基化水平与HUMT表达负相关。